Schrodinger 后遗症 no such program align_binding_sites

赞赏 2017-08-24

Schrodinger(薛定谔)执行一个 Job 报错, Binding Pose Metadyamics : [ Error 2 ] No such program :
align_binding_sites ,如下图:

Schrodinger 后遗症 no such program align_binding_sites

而 align_binding_sites 的路径 确实存在:


那就是路径的问题了。

原本想着,在执行的任务脚本中打断点,看看是哪里出的问题,突然想起,很早之前解决过一个类似的问题:

文章:Schrodinger ifd报错OSError No such program: /usr/share/perl

当时的 perl 不存在,因为perl 在 /usr/bin下,最后是注释了 974行的代码, 947行的代码会把 perl 改成 /usr/share/perl 或 /user/share/utilities/perl  去执行。


那么我就猜测 这次是因为 调用的  align_binding_sites , 因为注释了 947行,就不能改成  /usr/share/utilities/align_binding_sites 了 ,而环境变量 $PATH 中又不包含  /usr/share/utilities/  所以就找不到了。

解决办法如下:

将 947行改为

    if cmd[0] != "perl":
        cmd = fix_cmd(cmd, expandvars)
    
    timestamp('execute perl jlaunch.pl')

这样就只有perl 不加那个默认前缀了! 真是上次解决问题后留下的后遗症啊!

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