原文网址：https://www.youyong.top/article/115942911e3dd
朋友遇到了这样一个问题，使用Schrodinger (薛定谔) 的过程中，执行 ifd 报错： （File usr/share/mmshare-v3.5/lib/Linux-x86_64/lib/python2.7/site-packages/schrodinger/job/jobcontrol.py, line 1004, in launch_job raise OSError(errno.ENOENT, msg)，OSError: [Errno 2] No such program: /usr/share/perl）。可明明perl正常安装了呀！
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使用Schrodinger的过程中，执行了如下命令：
ifd "-NGLIDECPU" "1" "-NPRIMECPU" "1" "InducedFit_1.inp" "-HOST" "localhost" "-SUBHOST" "localhost" "-TMPLAUNCHDIR" "-ATTACHED"
报错截图如下：
路径错了，应该是/usr/bin/perl，但怎么会路径错误那？
虽然没接触过Python，但应该也好定位问题，于是就让她发来报错的那个文件(jobcontrol.py)。
定位到报错行（1002），从下图可知，是 cmd[0] 有问题，往上看cmd，发现了这句：
cmd = fix_cmd(cmd, expandvars)
于是想看看，方法fix_cmd对变量cmd做了哪些操作，不了解Python，还是直接打日志吧
于是，让她打印了日志
print cmd
cmd = fix_cmd(cmd, expandvars)
print cmd
日志输出结果如下图，从图中可知，就是方法 fix_cmd 把 perl 变成了/usr/share/perl
因为我调试不方便，就没有立即去调试方法 fix_cmd， 先让她注释掉 cmd = fix_cmd(cmd, expandvars)，运行试试。
日志输入如下，没有报错。
任务也都正常启动了。
可是，根本问题还没有找到，这个加的这个前缀/usr/share，肯定在外部可以修改的。
看方法 fix_cmd 的时候，看到了这句
cmd = _fix_program_path(cmd[0]) + cmd[1:]
这个应该就是处理路径的。
在方法 _fix_program_path中，打印
print('search_path----',search_path)
日志输出如下：
可见就是
os.environ['SCHRODINGER']
导致的。
但是我们俩都不知道怎么修改 os.environ['SCHRODINGER'] 的值，尝试过修改系统的环境变量，如下图，也不好使！
鉴于我俩对Python,都不熟悉，就采用了注释掉 cmd = fix_cmd(cmd, expandvars) 的办法。
等以后知道 怎么修改 os.environ['SCHRODINGER'] 的时候，再补充上。
有知道的麻烦告知！
后续处理 ： Schrodinger 后遗症 no such program align_binding_sites
我自己顺便脑补了一下Schrodinger
Schrödinger（薛定谔）是药物发现的完整软件包，包括：基于受体和配体结构的诱导契合和柔性对接模式；基于受体结构及配体极性的对接模式；基于受体结构及溶液环境性质的对接模式；组合化学库设计及基于组合库的对接模式；基于配体结构的药物设计，药效团和3D-QSAR；生物分子结构模拟，蛋白、糖、核酸、小肽等；基于靶点的药物设计；ADME性质预测。
我一直的价值观就是，看不懂的就是牛逼的，膜拜中...
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Schrodinger 后遗症 no such program align_binding_sites
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